BIOINFORMATICS

Anno accademico
2020/2021 Programmi anni precedenti
Titolo corso in inglese
BIOINFORMATICS
Codice insegnamento
CM0190 (AF:306260 AR:172404)
Modalità
In presenza
Crediti formativi universitari
6
Livello laurea
Laurea magistrale (DM270)
Settore scientifico disciplinare
INF/01
Periodo
I Semestre
Anno corso
2
Sede
VENEZIA
Spazio Moodle
Link allo spazio del corso
Inquadramento dell'insegnamento nel percorso del corso di studio
Il corso e' una introduzione alla Bioinformatica, disciplina che cerca di fornire soluzioni computazionali a problemi posti dalla biologia molecolare e dalla genetica.
In particolare si considerano problemi e soluzioni nell'ambito dell'analisi di sequenze biologiche quali DNA e proteine.
Nell'ambito della Systems Biology verranno illustrati alcuni esempi di sistemi biologici rappresentati con modelli e strumenti tipici dell'informatica.
Risultati di apprendimento attesi
Conoscenza e comprensione.

Lo studente avrà acquisito padronanza della terminologia scientifica specifica.
Avrà acquisito una introduzione alla bioinformatica e ne avrà compreso le potenzialità e la complessità.
Sarà in grado di riconoscere e comprendere le soluzioni informatiche ai problemi biologici trattati.


Capacità di applicare conoscenza e comprensione.

Lo studente sarà in grado di svolgere esercizi finalizzati ad applicare le conoscenze acquisite nei vari argomenti del corso.
Sarà in grado di svolgere, se richiesto, un piccolo progetto software per la soluzione di un problema biologico.

Prerequisiti
Conoscenze di algoritmi e complessità computazionale.

Contenuti
La lista di argomenti che segue è ridondante: solo un sottoinsieme, che può cambiare di anno in anno, verrà trattato durante il corso.
- Nozioni di biologia molecolare: DNA, RNA, proteine, cellula.
- Confronto di sequenze: Pattern matching esatto; Suffix tree; Suffix array; Allinamento a coppie; Allineamento multiplo.
- Alberi filogenetici: inferenza e confronto.
- Sequenziamento genomico: tecnologie e strategie.
- Biologia dei sistemi: introduzione generale ed esempi.
- Modelli di sequenze: HMM
- Modellazione e folding delle proteine.
Testi di riferimento
Il corso non adotta uno specifico libro di testo ma utilizza per i vari argomenti del corso i seguenti testi:
- T.H. Cormen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest, C. Stein, Introduction to Algorithm (II ed.), The MIT Press, 2001
- D. Gusfield, Algorithms on Strings, trees, and sequences, Cambridge University Press, 1997
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological sequence analysis, Probabilistic models and nucleic acids, Cambridge University Press, 2002.
- D. W. Mount, Bioinformatics-Sequence and genome analysis
Il docente inotlre mette a disposizione le slide proiettate a lezione e articoli specifici sui vari argomenti del corso.
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame scritto e orale (entrambi obbligatori).
Lo scritto è composto da domande ed esercizi sul programma svolto.
L'orale consiste nel presentare in classe un approfondimento oppure un piccolo progetto software assegnato dal docente.
Metodi didattici
Il corso si avvale di didattica classica di tipo frontale.
Lingua di insegnamento
Inglese
Altre informazioni
Il materiale del corso sara' disponibile sul sito
http://moodle.unive.it
Modalità di esame
scritto e orale
Il programma è ancora provvisorio e potrà subire modifiche.
Data ultima modifica programma
13/09/2020